Pierwszy klasztor franciszkanów w Cieszynie istniał w latach 1476–1542 i należał do czeskiej prowincji obserwantów. Zakonnicy, na skutek reformacji, musieli przenieść się do Bytomia.

W późniejszym czasie próbę powrotu podjęli włoscy reformaci w latach 1615–1617 i obserwanci (1699–1710).

Obecny klasztor to dawny budynek jezuicki z XVII w., który tworzył całość z przylegającym do niego kościołem Świętego Krzyża. W 1773 r.zakon jezuitów skasowano, a zabudowania przejęło miasto.

Od 1802 roku przez 130 lat mieściła się tam biblioteka i zbiory muzealne byłego jezuity, ks. Leopolda Szersznika.

Po II wojnie światowej budynek wykorzystywano m.in. na mieszkania funkcjonariuszy państwowych. Urząd miasta wystawił budynek do licytacji w 1987 roku. Zakupiony przez osobę świecką pełnił rolę hotelu. Ponownie wystawiony na sprzedaż został zakupiony przez naszą prowincję, a następnie wydzierżawiony apostolatowi „Signum Magnum” z Rybnika, który w 1994 roku otwarł tam hotel „Rafael”.

W 1996 roku zarząd prowincji zdecydował się na likwidację hotelu i utworzenie domu zakonnego wraz z bursą dla młodzieży męskiej szkół średnich, która funkcjonowała przez kilkanaście lat.

19.10.1996 roku ks. bp Tadeusz Rakoczy poświęcił dom, bursę oraz kaplicę domową pod patronatem św. Franciszka z Asyżu. Kanoniczne erygowanie domu zakonnego nastąpiło 18.06.1997 roku.

W wyniku usilnych starań 29.07.2005 roku biskup bielsko-żywiecki Tadeusz Rakoczy dał w użytkowanie naszej prowincji przylegający do klasztoru kościół pw. Świętego Krzyża i powierzył duszpasterstwo przy tym kościele oraz dodatkowo prowadzenie duszpasterstwa akademickiego i duszpasterstwa w zakładzie karnym.

Przy klasztorze rozpoczęła działalność wspólnota i Szkoła Nowej Ewangelizacji „Zacheusz”, ustanowiona dekretem z 10.10.2011 roku.

Oprócz duszpasterstwa w miejscowym kościele wspólnota zajmuje się duszpasterstwem rekolekcyjno-misyjnym, pomocą duszpasterską okolicznym parafiom, duszpasterstwem Zakładu Opiekuńczo-Leczniczego w Cieszynie, Hospicjum im. św. Łukasza, obsługą kaplicy publicznej sióstr boromeuszek, duszpasterstwem sióstr zakonnych,  Franciszkańskiego Zakonu Świeckich oraz licznymi kręgami małżeńskimi.